組織架構中心本部隸屬於臺北市政府衛生局,為本府二級機關,置主任及秘書各1人,下設兩組、會計室、人事機構,預算員額33人,組織架構圖如下
中心本部 包含主任(1人)、秘書(1人),各單位職掌(預算員額數)如下: